I asked this at Biostars but the post seems to have been deleted there.
My professor told me to implement MARTINI ForceField-based coarse-grained model to simulate 2GB1A protein-folding using Python-3.5 and to use *.ss2
and *.fasta_ss
files as inputs.
Thus far, I have used manual coordinates for protein simulation. I never even used PDB files as inputs. So, I have no idea how the mentioned file formats can be used for simulation.
Do I need to extract point coordinates from *.ss2
and *.fasta_ss
files? If so, how?
This is the link of PSRIRED VFORMAT.
The following is the content of *.ss2
file of 2GB1A protein:
# PSIPRED VFORMAT
1 M C 1.000 0.000 0.000
2 T E 0.000 0.000 1.000
3 Y E 0.000 0.000 1.000
4 K E 0.000 0.000 1.000
5 L E 0.000 0.000 1.000
6 I E 0.000 0.000 1.000
7 L E 0.000 0.000 1.000
8 N C 1.000 0.000 0.000
9 G C 1.000 0.000 0.000
10 K C 1.000 0.000 0.000
11 T C 1.000 0.000 0.000
12 L C 1.000 0.000 0.000
13 K C 1.000 0.000 0.000
14 G E 0.000 0.000 1.000
15 E E 0.000 0.000 1.000
16 T E 0.000 0.000 1.000
17 T E 0.000 0.000 1.000
18 T E 0.000 0.000 1.000
19 E E 0.000 0.000 1.000
20 A C 1.000 0.000 0.000
21 V C 1.000 0.000 0.000
22 D C 1.000 0.000 0.000
23 A H 0.000 1.000 0.000
24 A H 0.000 1.000 0.000
25 T H 0.000 1.000 0.000
26 A H 0.000 1.000 0.000
27 E H 0.000 1.000 0.000
28 K H 0.000 1.000 0.000
29 V H 0.000 1.000 0.000
30 F H 0.000 1.000 0.000
31 K H 0.000 1.000 0.000
32 Q H 0.000 1.000 0.000
33 Y H 0.000 1.000 0.000
34 A H 0.000 1.000 0.000
35 N H 0.000 1.000 0.000
36 D C 1.000 0.000 0.000
37 N C 1.000 0.000 0.000
38 G C 1.000 0.000 0.000
39 V C 1.000 0.000 0.000
40 D C 1.000 0.000 0.000
41 G C 1.000 0.000 0.000
42 E E 0.000 0.000 1.000
43 W E 0.000 0.000 1.000
44 T E 0.000 0.000 1.000
45 Y E 0.000 0.000 1.000
46 D E 0.000 0.000 1.000
47 D C 1.000 0.000 0.000
48 A C 1.000 0.000 0.000
49 T C 1.000 0.000 0.000
50 K C 1.000 0.000 0.000
51 T E 0.000 0.000 1.000
52 F E 0.000 0.000 1.000
53 T E 0.000 0.000 1.000
54 V E 0.000 0.000 1.000
55 T E 0.000 0.000 1.000
56 E C 1.000 0.000 0.000
Its corresponding fasta
file is as follows (I haven't found a fasta_ss
example):
>2gb1A
MTYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTE